Μεταβυζαντινή περίοδος - Νεότεροι χρόνοι

Το 1431,οι κάτοικοι των Ιωαννίνων έγιναν υποτελείς στους Τούρκους, υπό τον Σινά πασά και εγκαθιδρύεται στα Ιωάννινα η τουρκική κυριαρχία, η οποία διαρκεί 482 έτη, δηλαδή μέχρι το 1913.
Μέχρι τις αρχές του 17ου αιώνα τα υπό τουρκική κυριαρχία Ιωάννινα παρουσιάζουν γενική πτώση και παρακμή.

Ο 17ος αιώνας αποτελεί την απαρχή της ακμής των Ιωαννίνων. Η οποία κορυφώνεται στο δεύτερο του 18ου, με την ανάπτυξη του εμπορίου και της βιοτεχνολογίας. Η ανάπτυξη αυτή οδηγεί και σε σημαντική πληθυσμιακή αστική συγκέντρωση. Επίσης, τα Ιωάννινα παρουσιάζουν και λαμπρότατη πνευματική παράδοση αιώνων. Ήδη από το 1206 χρονολογείται η ίδρυση δύο σχολών στις Μονές Σπανού και Ντίλιου, όπου δίδαξαν και μαθήτευσαν επιφανείς λόγιοι και στοχαστές. Με τις σχολές αυτές διατηρήθηκε στην Ήπειρο η ελληνική παιδεία και καλλιεργήθηκαν τα ελληνικά γράμματα και η λόγια παράδοση μέχρι της εποχής του αστικού μετασχηματισμού.

Από τα μέσα του 17ου αιώνα, οι φιλογενείς Ιωαννίτες, επηρεασμένοι από τον ευρωπαϊκό διαφωτισμό, χρηματοδότησαν την ίδρυση νέων σχολών στα Ιωάννινα. Έτσι, ιδρύθηκαν, μέσα στην πόλη των Ιωαννίνων, οι σχολές του ηγούμενου Επιφανίου (1648), που αποκαλείται μικρή, η σχολή Γκούμα (1676), που αποκαλείται μεγάλη, η Μαρουτσαία (1746), η Καπλάνειος (1797) και αργότερα η Ζωσιμαία (1828).

Από το 18ο αιώνα, τα Ιωάννινα αναδεικνύονται το σημαντικότερο πνευματικό κέντρο του νέου Ελληνισμού και της προεπαναστατικής πνευματικής Ελλάδας.
Από το 1431 και μέχρι την εποχή του Αλή (1788), πλην του επαναστατικού κινήματος του Διονυσίου (1611), του επικαλούμενου Σκυλόσοφου, κανένα πολεμικό ή άλλο αξιόλογο γεγονός δεν συντελείται στα Ιωάννινα. Από το 1788 και για 50 χρόνια μετά, σημειώνονται, στην πόλη των Ιωαννίνων, γεγονότα εξαιρετικής σημασίας.

Το 1788, ο Αλή ανέρχεται στην εξουσία των Ιωαννίνων εγκαινιάζοντας το τυραννικό καθεστώς. Για την περίοδο αυτή, η προσωπική ιστορία του Αλή είναι και η ιστορία Ιωαννίνων αλλά και όλης της Ηπείρου.

Τα Ιωάννινα παρά τη στυγνή τυραννία, αναπτύσσονται συνεχώς. Επί της εποχής του Αλή κορυφώνεται ο αστικός μετασχηματισμός της πόλης και τα Ιωάννινα παρουσιάζονται ως το καλύτερο αστικό κέντρο της προεπαναστατικής Ελλάδας.

Ειδικότερα, ο Αλή, για δική του ασφάλεια και πλουτισμό, περιορίζει και διώκει τους μπέηδες τιμαριούχους και διευρύνει τις προϋποθέσεις αστικής ανάπτυξης των Ιωαννίνων. Επισκευάζει το φρούριο (1812-1815), ανοίγει δρόμους προς Άρτα Θεσσαλία και Παραμυθιά, υποτάσσει τη Στερεά Ελλάδα και την Πελοπόννησο, κτίζει ανάκτορα, ιδρύει στρατιωτική σχολή με Γάλλους καθηγητές, στην οποία έμελλε να φοιτήσουν οι επισημότεροι οπλαρχηγοί της ελληνικής Επανάστασης και ευνοεί την ανάπτυξη των εμπορευματικών σχέσεων. Κατά την εποχή αυτή, η τοπική αγορά των Ιωαννίνων, συγκαταλέγεται μεταξύ των σημαντικότερων του Ελλαδικού χώρου. Όσα συντελέστηκαν, επί δύο αιώνες στα Ιωάννινα, είχαν επιπτώσεις και στο ιδεολογικό υπόβαθρο των Ιωαννιτών. Οι περισσότεροι απ΄αυτούς, φέρονται ως θιασώτες των αρχών της Γαλλικής Επανάστασης. Η ιδεολογική αυτή μεταβολή, δεν είναι ξένη με τον άμεσο και αναντίρρητο προσανατολισμό των Ιωαννιτών προς τη ιδέα της απελευθέρωσής τους και προς τα κηρύγματα του Ρήγα και της Φιλικής Εταιρείας. Δεν είναι τυχαίο το γεγονός, ότι ο Αθανάσιος Τσακάλωφ,ένας από τους ιδρυτές της Φιλικής Εταιρείας, καταγόταν από τα Ιωάννινα, ούτε ότι από το 1816 και μετά πολλοί έμποροι, πολιτικοί και διανοούμενοι Ιωαννίτες φέρονται να έχουν μυηθεί σ΄ αυτήν. Εξάλλου, από αδιάψευστες πηγές, καταμαρτυρείται η δράση των Ιωαννιτών Φιλικών, μέσα στην πόλη και μάλιστα μέσα στην αυλή του Αλή πασά. Απ΄αυτούς σημαντικότεροι φέρονται οι Μάνθος Οικονόμου, Αλ. Νούτσος , Γ. Τουρτούρης, Ι. Κωλέττης, Ι. Βηλαράς, Σπ. Κολοβός κ.ά. Από το 1819 και μετά, τα Ιωάννινα, εκτός από πνευματικό κέντρο του νέου Ελληνισμού, καθίστανται συγχρόνως και το σπουδαιότερο πολιτικό κέντρο εθνικής κίνησης και διαφώτισης.

Το 1822 τα Ιωάννινα καταλαμβάνονται από τον Χουρσίτ πασά και ο Αλής σκοτώνεται στη Μονή του Αγίου Παντελεήμωνος στο νησάκι της λίμνης Παμβώτιδος.

Όσο διαρκούσε η πολιορκία των Ιωαννίνων, ξεκινούσε κατά τον Μάρτιο του 1821, η Ελληνική Επανάσταση, στην οποία, λόγω της παρουσίας πολυάριθμου τουρκικού στρατού στην Ήπειρο , δεν έλαβαν ενεργό μέρος οι Ιωαννίτες και οι Ηπειρώτες. Καθ' όλη τη διάρκεια του Αγώνα, τα μισοκατεστραμμένα Ιωάννινα, διαδραμάτισαν βάση εξόρμησης του τουρκικού στρατού προς την αγωνιζόμενη Ρούμελη. Με τη λήξη του Αγώνα, τα Ιωάννινα δεν ευτύχησαν να συμπεριληφθούν στα απελευθερωθέντα διαμερίσματα, που σχημάτισαν το Ελληνικό Κράτος.

Τα Ιωάννινα απελευθερώθηκαν την 21η Φεβρουαρίου του 1913.Τέλος κατά τον Α' Παγκόσμιο Πόλεμο, τα Ιωάννινα καταλήφθηκαν προσωρινά από ιταλικά στρατεύματα, από τον Μάιο μέχρι τον Σεπτέμβριο του 1917, και από τότε και έπειτα, ακολούθησε την τύχη της υπόλοιπης Ελλάδας.